"ראשית חכמה – יראת ה'". בית החינוך אמי"ת בר אילן גוש דן שואף לגדל דור של תלמידים בעלי מחויבות דתית עמוקה וברורה, שנבנתה מתוך בחירה ושיח, ולא בכפייה וללא מחשבה. קבלת כללים ברורים ומחייבים של מסגרת דתית היא הבסיס לדו-שיח ודיאלוג, מתוך פתיחות והקשבה, והם שיובילו בע"ה לבניית זהות דתית עמוקה ומחייבת.

"יפה תורה עם דרך ארץ".  בביה"ס ארבע מגמות מדעיות-טכנולוגיות יוקרתיות: אלקטרוניקה, ביוטכנולוגיה, מחשבים ותקשורת. זאת, בנוסף לבגרות בערבית אליה ניגשים התלמידים המעוניינים בכך. תלמידים מצטיינים יכולים לקחת חלק בתוכנית המצוינות של ביה"ס, בה הם יכולים להתחיל את לימודיהם האקדמיים כבר בכיתה י"א, ולסיים את התואר הראשון שנה או שנתיים לאחר סיום כיתה י"ב. לביה"ס מסורת של הישגים גבוהים ביותר, ובוגריו נמצאים בתפקידים מרתקים ומשמעותיים במסלולי לימוד ועבודה מגוונים.

"חנוך לנער על פי דרכו". בית החינוך אמי"ת בר-אילן גוש דן שואף לקיים אקלים שבו הכללים והמסגרת ברורים מאוד, הן בצד הדתי והן בצד הלימודי. בתוך מסגרת זו, נעשה מאמץ עליון לתת מענה אישי לכל תלמיד ותלמיד: לקדם ולסייע ככל הניתן, לתת מענה רחב ופתוח לכל השאלות הקשות והמציקות שיש לכל נער בגיל ההתבגרות, בכל התחומים ובמיוחד האמוני. צוות המחנכים והיועצים של ביה"ס אמון על גישה זו, ועושה כל מאמץ כדי ליצור אווירה זו ולטפח אותה.